تعرف الصحافة الالكترونية العربية تحديات صعبة تتمثل خصوصا في التمويل المادي فمعظم الجرائد والمجلات الرقمية تتخبط في مشاكل مادية بسبب انعدام الإعلانات, حيث أن المعلن مازال يعتمد على الصحافة الورقية كوسيط هام لنشر منتجاته أو الإعلان عن خدماته, بخلاف المؤسسات الدعائية في الغرب التي اتجهت إلى الانترنيت كوسيلة هامة للدعاية.
ولا ننسى المعسكر المقابل والذي يسعى بكل إمكاناته ووسائله, محاربة النشر الالكتروني بصفة عامة ويشكك في قدراته العملية, وكلها محاولات عقيمة تعرى الواقع المزري الذي بدأت بعض الصحف المطبوعة تعيشه.
لكن التحدي الأكبر والأهم يتجلى خصوصا - و مع الأسف الشديد- في الأمية التكنولوجية التي تعيشها مجتمعاتنا العربية وعدم الوعي بإيجابيات الصحافة الإلكترونية وقدرتها على تلبية حاجيات كل القراء على اختلاف أنواعهم وأذواقهم. كما أن ضعف البنية الأساسية لشبكات الاتصالات في الوطن العربي, يضع التقدم الحاصل في هذا المجال أمام عائق أكبر. ويعد الفقر من أهم التحديات كونه يمنع العديد من الأشخاص من اقتناء الحاسوب أو الانخراط في شبكة الانترنت.
بالرغم من الانتشار المتزايد للجرائد والمجلات الالكترونية في عالمنا العربي إلا أنها أصبحت تعانى من هشاشة في القاعدة فكم من موقع إخباري أغلق لسبب أو لآخر وكم من جريدة رقمية أصبح يتحكم فيها أشخاص استغلوا غياب ضوابط وقوانين تتحكم في هذا المجال لأغراضهم الشخصية. كما أن المواقع الإخبارية تناسلت لتتنوع بين مواقع محترفة تعتمد على طاقم محترف من الصحفيين وأخرى تعتمد على طريقة النسخ واللصق ومواقع أخرى آثرت الاعتماد على المجهودات الشخصية.